Si quieres cambiar todos los discos lo ideal sería hacer una instalación limpia (nueva) del sistema operativo, ya con los nuevos discos colocados.
Si no es posible instalación limpia, ya sea por dificultad en migrar datos o por limitantes de tiempo, puedes seguir con el disco actual y el reemplazar el otro disco por uno de mayor tamaño y marca distinta, en esto con espejos lo único que se requiere es que el disco espejo sea por lo menos de la misma capacidad (el exceso no se utiliza) y que el tipo de disco sea similar (por ejemplo Sata con Sata, Sas con Sas).
Hay opción de pago para clonar un servidor (en arreglo) en discos más grandes, pero es de pago (Acronis Backup & Recovery 11) y la última vez que lo vi valía como 600 USD.
Es bueno tener documentado qué versión de sistema operativo tienes, qué tipo de arreglo es (basado en hardware o en software), aplicaciones que tienes en uso.