Creo que los discos de 250GB son muy pequeños incluso para 2008 server. A mi ver lo recomendable es hacer una instalación en limpio con discos más grandes, por lo menos dos discos de 500GB.
Respaldar bien los datos de tus sistemas
Retirar ambos discos actuales
Poner nuevos discos en bahia 1 y 2
Poner discos viejos en bahías 2 y 3 (opcional como almacenaje adicional, serían formateados
Entrar al ACU-SSA y eliminar los arreglos que veas y creas dos RAID1, el primero con discos nuevos y el segundo con los discos viejos.
Instalas el 2012 Server, por ser Gen6 deberás instentar hacerlo arrancando el cd asistente HP Easy Setup.
Una vez instalado en Administrador de Discos verás listo para formatear como almacenamiento adicional el arreglos de discos viejos. Instalas aplicación y restauras respaldo.