Hola,
Lo primero sería saber si cuando dejan de funcionar, los puertos siguen recibiendo energía o no.
Para saber eso, puedes ayudarte de un ratón óptico con cable ya que mediante la luz inferior del ratón sabrás si llega energía o no aunque no funcione el puerto.
En el caso que no llegue energía es un problema interno (no tendría nada que ver el sistema).
Habría que revisar al conexión de estos puertos USB y si se aprecia algún daño en ellos.
Si el equipo sigue recibiendo energía aunque no funcione, actualiza la BIOS a la última versión disponible y en el administrador de dispositivos reinstala los concentradores USB.
Para saber si es una cuestión de hardware o software, puedes arrancar el equipo con un sistema LiveCD o LiveUSB y ver si ahí te pasa lo mismo.
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